Движение раскольников в России во второй половине XVII в. носило далеко не такой мирный характер, какой оно приняло два века спустя. Данное движение представляло опасность для проведения важных государственных реформ по модернизации, что уже не могло не привлечь внимания государственной власти. Поскольку невозможно было вести борьбу только средствами государственного принуждения, большую роль должна была сыграть сама Церковь и ее основное орудие – проповедь, в том числе посредством печати.
Борьба со старообрядцами на этом переломном в истории России этапе требовала решительных действий по его устранению. В противном случае возникала угроза новой смуты.
Одним из важнейших результатов никоновских реформ, возможно и не замышлявшимся изначально, по словам В.О. Ключевского, было устранение «главных препятствий, мешавших успехам западного влияния» и последовавших затем преобразований Петра I. Большинство клира теперь «увидела, какие дурные чувства и наклонности может воспитывать эта старина и какими опасностями грозит слепая к ней привязанность». Воплощением этой «старины» в России стало движение старообрядцев, а одной из наиболее ярких фигур в этой борьбе являлся патриарх Иоаким и круг его соратников, куда следует отнести Симеона Полоцкого, Стефана Яворского и Епифания Славинецкого, Паисия Лигарида, Юрия Крижанича.
Сам патриарх Иоаким, исходя из представлений как его врагов, так и соратников, представляется достаточно противоречивой фигурой. Он мог быть одновременно и ревностным и преданным церкви священнослужителем, и, в то же время, «смиренным» слугой стоящих выше иерархов и придворных чиновников. Все это, однако, не лишало его чисто человеческих чувств, таких как властолюбия и даже в некоторой степени деспотизма в отношении подчиненных. Если дореволюционная историография во многом идеализировала образ Иоакима, равно как и других крупных деятелей церкви, то современные работы видят в патриархе Иоакиме хладнокровного политика-интригана, хотя и не вполне смелого и храброго. Эти качества сыграли свою роль и в борьбе со старообрядцами.
Основными теоретическими пунктами разногласий между старообрядцами и патриаршей Церковью явились: спор о содержании Символа веры; споры о форме и символике перстоложения; дискуссии о Евхаристии. Также разногласия касались эсхатологических (эсхатология – учение о конце света) вопросов, разнившихся в оценке церковной и общественной жизни. Все эти вопросы к концу XVII века перешли из сферы религиозной в политическую, а само движение старообрядцев, трактуемое как «раскольничество» приобрело статус фактора нестабильности в обществе. Это предопределило отношение к старообрядчеству как к преступному, угрожающему самим основам государства движению, с которым надлежит вести непримиримую борьбу, что и стало одной из важнейших задач патриарха Иоакима.
Немало трудностей ожидало патриарха Иоакима на пути борьбы. Одна из главных трудностей была заложена еще Никоном, который принялся за переписывание книг не по «старинным греческим и славянским книгам», как это утверждалось властями, но по современным греческим. Компромисс по вопросу единственного прочтения Символа веры был невозможен по причине того, что и официальные церковные полемисты, и старообрядцы не имели единственного источника, от которого могли бы отталкиваться в полемике.
В целях борьбы патриарх Иоакима рассылал в города и веси, охваченные старообрядческим движением особых увещателей и издавал ряд полемических противостарообрядческие сочинений. В них давались разъяснения причин и истории выступлений раскольников, разъяснялось содержание ряда событий государственной важности (в т.ч. стрелецкие волнения и связанные в ними казни духовных лидеров старообрядцев), поднимались и обсуждались важные богословские вопросы.
Таким образом, значение антистарообрядческой деятельности Церкви при патриархе Иоакиме состояло в том, что основная опасность, исходившая от движения церковного раскола, грозившая перерасти в церковную смуту, была нейтрализована. Это было достигнуто не столько благодаря карательным действиям властей, сколько путем мирной проповеди пропаганды антистарообрядческих идей в печати. Однако побочным негативным результатом этой деятельности стало распространение апокалиптических настроений и массовые самоубийства старообрядцев. Однако патриарх Иоаким прикладывал усилия и в борьбе с этими эсхатологическими движениями в российском обществе XVII века.
Однако нельзя не отметить и жестокость, свойственную антистарообрядческим мерам государственной политики, проводимой по благословению патриаршей Церкви. В то же время нельзя сбрасывать со счетов дух законодательства XVII века, лишенного идей «западного» гуманизма и человеколюбия. Старообрядцы предпочитали погибнуть добровольно, а не от руки последователей антихриста и вероотступников.