Мелкие млекопитающие считаются важным компонентом сообществ, поскольку от них зависит выживание многих других видов. Они также являются основными естественными хозяевами множества патогенных агентов, которые могут вызывать заболевания человека. В материалах от мышевидных грызунов и землероек, обитающих в Центрально-Лесном заповеднике, обнаруживают маркеры токсоплазм, микроорганизмов родов Borrelia, Rickettsia, Bartonella, Babesia, Ehrlichia, Anaplasma, Leptospira, бактерий Francisella tularensis, Coxiella burnetii, флавивирусов, хантавирусов и других патогенов, в том числе ранее не выявлявшихся.
Огромную, а чаще всего основную роль в передаче инфекции другим животным играют эктопаразиты этих млекопитающих: клещи, блохи и вши. Клещевой энцефалит и иксодовые клещевые боррелиозы являются самыми значимыми трансмиссивными инфекциями как с медицинской, так и с экономической точки зрения. В 60–70-х гг. XX в. вирус клещевого энцефалита (ВКЭ) на территории Сибири и Дальнего Востока изолировали не только из органов мелких млекопитающих и иксодовых клещей, но также из пулов паразитов гнездонорового комплекса как в летний, так и в зимний период
При изучении сообществ эктопаразитов мелких млекопитающих, отловленных в Центрально-Лесном заповеднике за последние шесть лет, было определено разнообразие паразитофауны, различавшееся между систематическими группами зверьков и сезонами года. Из 22 видов млекопитающих, попавших в отловы, паразиты обнаружены на 18 видах. Определено систематическое положение 16 видов блох, трёх видов вшей и одного вида иксодовых клещей; видовая принадлежность гамазовых клещей не устанавливалась.
Наибольшее разнообразие видов эктопаразитов в холодный период года отмечено в сообществах обыкновенной бурозубки, полёвки-экономки и красной полёвки, а летом – на лесных полёвках. В среднем на одного представителя млекопитающих приходилось по 4,3 паразита с разным соотношением их групп в зимних и летних сборах. В холодный период на зверьках чаще всего паразитировали гамазовые клещи (ИО 3,0, ИВ 30,5±2,23), летом – иксодовые (ИО 2,2, ИВ 50±6,80). Обилие вшей зимой и летом почти не различалось (ИО 0,8 и 0,7; ИВ 8,7±1,36 и 14,8±4,83 соответственно); блохи на зверьках, пойманных летом, встречались чаще и в большем количестве (ИО летом 0,9, зимой – 0,5; ИВ 46,3±6,79 и 26,1±2,13 соответственно). Паразиты значительно чаще обнаруживались на грызунах, чем на землеройках, как зимой (ИВ 63,0 против 43,3), так и летом (ИВ 85,7 против 50). По группам млекопитающих отмечены различия и в сообществах блох: две трети из 18 зафиксированных видов являются группоспецифичными.
Вши в исследованной выборке мелких млекопитающих, за одним исключением, встречались только на грызунах. Видовые, групповые и некоторые сезонные различия по поражённости эктопаразитами мелких млекопитающих обусловливают неодинаковое эпизоотологическое и эпидемиологическое значение и зверьков и членистоногих, что определяет необходимость дальнейшего изучения биоразнообразия этих сообществ.